La primera película de "Card Captor Sakura" "Card Captor Sakura :The Movie", se estrenó en Japón en Agosto de 1999, junto a un corto de "Clover", otro éxito del grupo Clamp. Su productora es la Madhouse y dura 80 minutos.

Todo empieza con la captura de la carta flecha por Sakura con ayuda de Li Shaoran. Durante la noche, Sakura tiene un extraño sueño relacionado con un mundo de agua. Al día siguiente, tras la penúltima clase antes de las vacaciones, Sakura y Tomoyo visitan la tienda de Maki. Ahí, Sakura participa en un juego de bolitas y gana un viaje a Hong Kong. Debido a la gran cantidad de trabajo, el señor Kinomoto no puede viajar con su hija, por lo que ella elige como acompañantes a Touya y Yukito (y a Kero-chan escondido en una maleta, jeje).

En el aeropuerto, el grupo se encuentra con Tomoyo, quien decide acompañarlos llevando consigo su cámara de video y gran cantidad de disfraces nuevos para su mejor amiga. Ya en Hong Kong, Sakura vuelve a soñar con el extraño mundo de agua y con una misteriosa mujer, que la llama. Cuando Sakura y Tomoyo dan un paseo, aparecen repentinamente dos pájaros extraños, y la Card Captor los persigue usando la Carta Salto. De repente, empieza a caer en un sueño profundo, del que lograría despertar gracias a la ayuda de Li Shaoran, lo que le costaría a Sakura-chan una tremenda empapada al caer en una fuente. Por su parte, Tomoyo se encuentra con Meiling, quien se sorprende mucho de verla por China. Luego se reúne todo el grupo y van a la casa de Shaoran para que Sakura pudiera ponerse ropa seca, donde conocen a las cuatro hermanas de Shaoran. La madre de Li invita a la protagonista y sus amigos a quedarse en su casa a pasar la noche, a lo cual ellos aceptan.


En la casa de Li, Sakura vuelve a soñar lo mismo, pero esta vez, la mujer le dice que la ha estado esperando por mucho tiempo, entonces, las ropas de la extraña atrapan a Sakura, quien despierta de pronto y nota sorprendida que tiene marcas en los brazos. Alarmada, la señora Li va a ver qué está sucediendo, y le dice a la niña que su presencia en Hong Kong tiene una razón muy importante. Al día siguiente, cuando Sakura se despide, la madre de Li Shaoran le dice que debe tener cuidado con el agua, y le encarga a su hijo que cuide de ella, lo que hace enfadar mucho a Meiling. Kero y Sakura vuelven a ver a las aves de la vez pasada y las siguen hasta una vieja tienda, donde encuentran un libro en cuya portada aparece la mujer del sueño. En trance, Sakura trata de abrir el libro, lo que Kero trata de evitar sin éxito, y, cuando Touya y Yukito entran en la tienda, el libro por fin se abre y el lugar se empieza a inundar. Todos quedan atrapados. La mujer del libro despierta muy enfadada porque había estado llamando a Clow Reed. Shaoran pelea mientras Sakura intenta salvar a sus amigos, logrando rescatar sólo a Tomoyo, sin poder evitar que el resto quede atrapado en otro mundo.


En la tienda, Tomoyo, Kero y Sakura buscan el libro para tratar de ayudar a los demás, y Kero recuerda que la mujer era una rival de Clow Reed, que usó su magia para obtener el libro y luego tratar de atrapar a Clow Reed eternamente. Tratando de descubrir una conexión entre este y el otro mundo, Sakura recuerda que la fuente en la que cayó el día anterior es la misma que aparece en la portada del libro, y va hacia allá con Kero. Sin embargo, la fuente posee una barrera de poder que les impide el paso, y esta no se abre hasta que llega la mamá de Shaoran y utiliza sus poderes. Tras este hecho, se encuentran con la mujer del agua, que les pregunta la razón de su regreso y el lugar donde se encuentra Clow Reed, con lo que la Card Captor comprende que la mujer está enamorada de él. Luego de poner en acción el poder de la Carta Flecha, Sakura le hace comprender con dolor a la mujer del agua que Clow Reed está muerto. La mujer del agua se evapora... Y todo vuelve a la normalidad...